南通市肿瘤医院呼吸内科为南通市临床重点建设专科，现有医师27人，其中博士5人（含博士在读），硕士14人，高级以上职称人员14人，特聘专家1名。科室核定床位104张，科室医疗辐射面广，收治的病人中70%来自南通地区，25%来自南通周边地区，5%来自外省市。

科室主要收治呼吸系统肿瘤病人、部分危重或诊断不明的呼吸系统疾患病人，根据病人的体质、病理类型、肿瘤基因表达的不同，精心制定规范化、个体化的综合治疗措施，科学采取化疗、同步化放疗、序贯化放疗、分子靶向治疗、免疫治疗以及最佳支持治疗等，提高治疗效果，提升生存质量；对恶性心包积液、恶性胸腔积液采用细导管引流术，对中枢神经系统转移性肿瘤患者进行脑积液检测及相应灌注治疗，缓解病人症状。

科室气管镜室拥有潘太克斯电子气管镜、EBUS、奥林巴斯电子气管镜、奥林巴斯超细电子纤维支气管镜等先进仪器设备，熟练开展对呼吸系统疾病的诊断和鉴别诊断，通过气管支架植入术治疗各种原因引起的气管、支气管狭窄，开展经气管镜肺活检术、经气管镜纵隔淋巴结穿刺活检术以及肺冲洗、灌洗术、微波治疗、射频治疗、套扎切除肿瘤等呼吸科诊治先进技术。

科室是省内最早一批开展肿瘤免疫治疗的科室，对于免疫药物的使用和免疫副反应的处理，积累了大量的经验。在2013年获得了《药物临床试验机构资格认定证书》后，先后参加了国内外创新药、研原药、生物类似药、仿制药、新的联合治疗方案及仪器检查器械等多中心临床研究，达到与国际国内临床研究接轨同步，肺癌采用的化疗、靶向、免疫等综合治疗手段均与国内三甲医院接轨。科室以临床诊疗为核心基础，同时也是南通大学附属教学医院，承担南通地区肿瘤科规范化诊疗的培训任务，培养肿瘤专科人才，数十年来培养周边县级医院肿瘤专科及新疆等外省市进修医生数十人，是中国医药教育协会江苏省肺癌规范化诊治南通市示范中心。