南通市肿瘤医院病理科建于1974年6月，为江苏省临床重点专科、南通市临床医学中心、南通市病理科质控中心、南通市病理诊断中心。科室拥有博士生导师1人，博士生4人，硕士生7人，江苏省有突出贡献中青年专家1人，南通市“226高层次人才培养工程”第三层次培养对象3人，南通市科技兴市功臣1人，南通市先进工作者1人，南通市专业技术拔尖人才1人，南通市医学重点人才2人，南通市青年医学重点人才2人，科内有多人担任国家级和省市级学会主委、副主委、委员等职务。

病理诊断是目前整个医学界公认的最可信赖、准确性最高的诊断方式，是名副其实的肿瘤诊断“金标准”，病理科医生也被称为“医生的医生”。市肿瘤医院病理科设备齐全、技术力量雄厚，拥有工作和教学场所2000多平方米，配备电子显微镜、荧光显微镜、超柏液基细胞仪、全自动免疫组化仪、实时荧光定量PCR仪、流式细胞仪、数字切片扫描仪等价值2000多万元的仪器设备；开展常规病理、术中快速冰冻、外院会诊、免疫组化、细胞学、荧光原位杂交、个性化用药基因检测等项目，平均每年完成常规病理诊断20000多例、疑难病理会诊1000多例、术中快速冰冻诊断5000多例、免疫组化5000多例、细胞学诊断8000多例。

科室肿瘤病例来源丰富、病种全，技术手段多，自1974年建科以来，科室储藏了全部病理档案资料，包括近40万份常规病理检查申请单、切片、蜡块，近20万份细胞学资料及10多万份免疫组化资料，这些档案为病人复查和随访提供了极大便利，也为医务人员总结诊疗经验及开展科研工作提供了极其宝贵的资料。科室在做好本院日常病理诊断工作的同时，还承担着来自南通地区各县市、盐城、泰州、扬州以及苏州等地区的疑难病理会诊，每年近2000例，解决了大量疑难病例的诊断，纠正了许多“错案”，深得广大临床医生及病员的信赖。科室还为病理行业培养了大批优秀人才，2017年被确认为国家级住院医师规范化培训基地。