南通位于江海交汇处,最早成陆的地方是位于扬泰古沙嘴最东端的海安、如皋一带。从公元5世纪到20世纪初,通过四次大规模的沙洲连陆,扶海洲(今如东县地)、胡逗洲(今南通市区和附近一带)、南布洲(今通州金沙等地)、东布洲(今海门、启东中北部)等古沙洲先后与大陆连接。在陆地不断接连的同时,由于长江水势的影响,部分区域地块在不断地消长。明清之际,长江侵蚀通州陆地,古海门县坍没,之后又从长江口陆续涨出二三十个沙洲。18世纪中叶后,先后涨出了10多个沙洲(崇明外沙),这些沙洲并入北岸后,长江北支北岸近代岸线基本形成。长江口南北支的形成与长江主流走向的变化有很大的关系。张謇充分考虑到长江北岸岸线的不稳定性,选定青龙港闸址距长江边2.6公里。
1940年,北支海潮作用增强,水头直指北岸,青龙港一带开始迎溜顶冲。1949年,长江深泓由崇明西沿流入北支,涨落潮流路合二为一,造成青龙港附近江岸大坍。1940年至1954年,共坍岸2.05公里。而崇明北沿不断向北延伸,其芦苇滩外沿,1954年时距老岸已达6公里,基本上为原青龙港江岸线。同时,江面缩狭为1915年的34.2%(时江面宽6公里,1954年江面宽2.05公里),深泓道近青龙港,最深点达—24米(吴淞基面)。
1953年8月,海门县政府专题向江苏省政府暨长江水利委员会汇报青龙港塌势,并报国务院和国家水利部。周恩来总理得知后,指示水利部:“根据海门县青龙港目前坍江情况,可在水利部批办投资额权力范围内先行试验性设计施工。”同年底,水利部拨款99.99万元,试办保护青龙港的护岸工程。护岸工程于1954年至1956年实施,由专门成立的长江下游工程局青龙港护岸工程指挥所指挥,工程分五期进行,共完成护岸1045米、使用经费141.82万元。护岸工程中困难重重,特别是在第一期工程中,1954年4月23日,长江江面刮起5级东南风,在4.53米高潮影响下,一夜间岸坎猛坍20~40米,已沉入江的7块柴排脱离江岸有20米,后经县水利科提出“沉排与抛石护岸相衔接”的施工办法,对已冲离江岸的7块柴排,在排岸之间采用抛石衔接,终于获得了成功。以后的很多年,在沉排护岸的同时,进行块石护岸。每期工程施工结束后,都派人认真观察工程的稳固情况和两端坍蚀情况。这样,青龙港闸才可以安全运行。