南通位于江海交汇处，最早成陆的地方是位于扬泰古沙嘴最东端的海安、如皋一带。从公元5世纪到20世纪初，通过四次大规模的沙洲连陆，扶海洲（今如东县地）、胡逗洲（今南通市区和附近一带）、南布洲（今通州金沙等地）、东布洲（今海门、启东中北部）等古沙洲先后与大陆连接。在陆地不断接连的同时，由于长江水势的影响，部分区域地块在不断地消长。明清之际，长江侵蚀通州陆地，古海门县坍没，之后又从长江口陆续涨出二三十个沙洲。18世纪中叶后，先后涨出了10多个沙洲（崇明外沙），这些沙洲并入北岸后，长江北支北岸近代岸线基本形成。长江口南北支的形成与长江主流走向的变化有很大的关系。张謇充分考虑到长江北岸岸线的不稳定性，选定青龙港闸址距长江边2.6公里。

1940年，北支海潮作用增强，水头直指北岸，青龙港一带开始迎溜顶冲。1949年，长江深泓由崇明西沿流入北支，涨落潮流路合二为一，造成青龙港附近江岸大坍。1940年至1954年，共坍岸2.05公里。而崇明北沿不断向北延伸，其芦苇滩外沿，1954年时距老岸已达6公里，基本上为原青龙港江岸线。同时，江面缩狭为1915年的34.2％（时江面宽6公里，1954年江面宽2.05公里），深泓道近青龙港，最深点达—24米（吴淞基面）。

1953年8月，海门县政府专题向江苏省政府暨长江水利委员会汇报青龙港塌势，并报国务院和国家水利部。周恩来总理得知后，指示水利部：“根据海门县青龙港目前坍江情况，可在水利部批办投资额权力范围内先行试验性设计施工。”同年底，水利部拨款99.99万元，试办保护青龙港的护岸工程。护岸工程于1954年至1956年实施，由专门成立的长江下游工程局青龙港护岸工程指挥所指挥，工程分五期进行，共完成护岸1045米、使用经费141.82万元。护岸工程中困难重重，特别是在第一期工程中，1954年4月23日，长江江面刮起5级东南风，在4.53米高潮影响下，一夜间岸坎猛坍20～40米，已沉入江的7块柴排脱离江岸有20米，后经县水利科提出“沉排与抛石护岸相衔接”的施工办法，对已冲离江岸的7块柴排，在排岸之间采用抛石衔接，终于获得了成功。以后的很多年，在沉排护岸的同时，进行块石护岸。每期工程施工结束后，都派人认真观察工程的稳固情况和两端坍蚀情况。这样，青龙港闸才可以安全运行。